Akashi Eito telah gagal total pada semua ujian masuk sekolah menengah, tetapi entah bagaimana, dia menerima surat penerimaan dari sekolah yang tidak pernah dia lamar. Dia tetap dengan senang hati mendaftar, berharap untuk menjalani kehidupan sekolah yang ideal, tetapi cita-citanya dengan cepat hancur saat dia menemukan bahwa sekolah misterius ini adalah lembaga pelatihan untuk agen rahasia!